Fünf Jahre, nachdem die Pläne des skrupellosen Lord Business (Stimme im Original: Will Ferrell) vereitelt werden konnten, haben die DUPLO-Invasoren aus dem Weltall die heile LEGO-Welt zerstört. Mittlerweile ist Steinstadt nur noch eine postapokalyptische Brache, die heute Apokalypstadt heißt. Emmet führt sein Leben jedoch unbeirrt weiter. Im Gegensatz zu allen anderen, die sich für weitere Kämpfe wappnen, sieht er darin keinen Sinn. Doch dann müssen sich die Helden erneut zusammentun, um eine Bedrohung abzuwenden, denn ein außerirdischer Eindringling namens General Mischmasch (Stephanie Beatriz) aus dem Systar-System erscheint auf der Bildfläche.

Eine Entdeckungsreise von Außerirdischen wird durch Menschen gestört. Überstürzt verlassen die extraterrestrischen Botaniker die Erde und lassen dabei aus Versehen einen ihrer Mitarbeiter zurück. Das kleine Wesen irrt hungrig durch den Wald, bis es schließlich von dem zehnjährigen Elliott entdeckt wird. Nachdem die beiden ihre anfängliche Scheu überwunden haben, versteckt Elliott den Außerirdischen in seinem Kinderzimmer und verrät ihm alles, was er über die Menschen und ihre Welt wissen muss.

Auf der Flucht von Afrika nach Europa gerät das Boot, auf dem sich Francis (Welket Bungué) befindet, in einen Sturm. Er schwört, dass er ein guter und anständiger Mensch sein will, wenn er gerettet wird, und seine Gebete werden erhört. Nun ist es an ihm, seinen Schwur auch einzuhalten. Sein Weg führt ihn nach Deutschland, wo er sich redlich darum bemüht, ein ehrliches Leben zu führen. Doch die Umstände machen es ihm nicht einfach. Wie soll man gut sein in einer Welt, die es selbst nicht ist?

Wir schreiben das Jahr 2019: Vier gentechnologisch hergestellte Menschen, sogenannte "Replikanten", proben den Aufstand. Sie maßen sich an, ihre auf vier Jahre festgesetzte Lebensfrist verlängern zu lassen. Ihr Pech, dass Blade Runner Deckard (Harrison Ford) auf sie angesetzt ist. Er ist ein abgebrühter Profi, wenn es darum geht, Replikanten aufzuspüren und zu vernichten. Im verregneten Los Angeles der Zukunft macht er sich auf die Jagd...