Der Film begleitet die Männer des Sonderkommandos bei ihrer furchtbaren Arbeit in den Gaskammern und Krematorien von Auschwitz-Birkenau. Er zeigt, wie sie die Opfer zur Gaskammer geleiten, wie sie in den Kleidern der Opfer nach Beute für die SS suchen, wie sie den Toten die Haare scheren, die Goldzähne ausbrechen und dann alle Leichen in den Öfen der Krematorien verbrennen. Wenn sie sich weigern, werden sie erschossen. „Aufstand in Auschwitz“ zeigt, wie die Männer des Sonderkommandos zu dem Entschluss kommen, einen bewaffneten Aufstand durchzuführen, möglichst viele SS-Männer zu töten und zu flüchten, um als Augenzeugen berichten zu können.

Die Männer des Sonderkommandos erzählen selbst von ihrer Arbeit, von ihrer Trauer und ihrem Entsetzen, all diese Dinge zu tun. Sie berichten uns von ihrer Vorbereitung des Aufstandes, den Plänen, die sie schmiedeten und den Kontakten, die sie knüpften, von ihrer ständigen Angst „aufzufliegen“. Die Interviews stammen aus den 1980er und 1990er Jahren. Zu Wort kommen auch Angehörige und Historikerinnen und Historiker aus Deutschland, Polen, Griechenland, Großbritannien, Israel und Italien.

Die cineastische Darstellung in Graphic-Novel-Ästhetik lassen auf Basis neuester wissenschaftlicher Erkenntnisse Bilder für die so wichtige Erinnerung an diesen Schreckensort im kollektiven Gedächtnis entstehen und helfen, dieses düsterste Kapitel der neueren deutschen Geschichte nicht zu vergessen.