Harold und George spielen gerne Streiche, zeichnen Comics und haben ständig Ärger mit dem fiesen Rektor Mr. Krupp. Eher zufällig schaffen die beiden es, Mr. Krupp zu hypnotisieren und ihn in den Superhelden ihrer Comics zu verwandeln: Wann immer jemand mit den Fingern schnippt, wird der miesepetrige Rektor nun zum supergutgelaunten, Unterhose und Cape tragenden Captain Underpants. Leider stolpert dieser von einem Schlamassel in den nächsten. Harold und George müssen ihren gesamten Einfallsreichtum aufwenden, um ihren Helden vor grösserem Ärger zu bewahren.